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La mayor parte de las víctimas del terror rojo fueron localizadas y rehabilitadas a partir de los años cuarenta. Están registradas en la sección de fondos contemporáneos del Archivo Histórico Nacional, donde fue a parar toda la documentación recabada en la llamada Causa General, una exhaustiva investigación que se abrió recién terminada la Guerra Civil para, entre otras cosas, inscribir en el Registro Civil a todas las víctimas del bando nacional.

"Lo conocemos prácticamente todo. Sus nombres, dónde murieron, dónde están, cómo fueron recompensados. En cuanto terminó la guerra, se exhumaron todas las fosas y se les dio un enterramiento digno. El 80% de los puestos de republicanos depurados se reservó a ex combatientes, ex cautivos y familiares de víctimas. Puede haber algún desaparecido en la zona republicana, pero ninguno sin registrar, como ocurre con tantas víctimas del otro bando", explica el historiador Julián Casanova. El historiador José López de la Franca ha remitido al juez los nombres de 21 asesinados, la mayoría sacerdotes entre 1936 y 1939, para que investigue sobre su paradero.

La cifra de víctimas del terror rojo ronda los 60.000 (7.000 religiosos), según Casanova. La mayoría fueron asesinados en los primeros meses de la guerra, antes de que a finales de 1936 se crearan los tribunales populares por los que Garzón se interesa ahora. El Tribunal Especial de Espionaje y Alta Traición, al que el juez también ha pedido datos, persiguió a los fascistas y juzgó también a anarquistas, troskistas... En el Juzgado Especial de la Rebelión Militar se procesó a los militares que se habían sublevado frente a la República, que nunca reconoció el Estado de guerra. Casi toda esta información está en el Archivo Histórico Nacional.